Comme la majorité des iles des antilles situées dans cette région, Porto Rico bénéficie d'un climat tropical particulièrement agréable et avantagé. Le temps est ensoleillé la grande majorité de l'année et les températures restent chaudes de janvier à décembre. On peut néanmoins distinguer deux saisons.

La première, de mai à novembre apporte davantage d'humidité, ce qui peut rendre certaines journées difficiles à supporter dans les parties de l'ile les plus touchées. Le nord et l'est de Porto Rico recoivent également de fréquentes averses, heureusement courtes et rapidement remplacées par le soleil. Le sud de l'ile est quant à lui plus épargné. Les cyclones qui sévissent dans la région de fin aout à début octobre passent généralement plus au nord.

Lors de la saison sèche en revanche, de décembre à avril, les précipitations disparaissent en même temps que l'humidité. Les températures diminuent légèrement pour se stabiliser entre 21 et 29°C et l'ensoleillement est à son maximum. C'est également la saison où les touristes viennent en nombre. La houle formée par les alizés est davantage présente dans le nord.

La température de l'eau est de l'ordre de 26°C en hiver et 28°C en été.

On peut séjourner à Porto Rico durant toute l'année mais l'humidité et les averses fréquentes rendent le voyage moins agréable de juin à octobre. La meilleure période pour partir en voyage à Porto Rico se situe de novembre à avril.