Constitué de 3 régions très différentes, la côte à l'ouest, la Cordillère des Andes au centre et la forêt amazonienne à l'est, le Pérou est un pays aux conditions climatiques extrèmement contrastées selon qu'on se trouve dans l'une ou l'autre de ces régions. A noter que les saisons sont inversées par rapport à l'hémisphère nord : l'été a donc lieu de décembre à février tandis que l'hiver se déroule de juin à août.

Sur la côte, l'été est chaud (26°C en moyenne en journée) et ensoleillé tandis que l'hiver est doux (18°C en journée) mais très souvent brumeux quand il n'est pas perturbé par de petites pluies fines. La région ne reçoit quasiment jamais de pluies sauf à l'extrème nord, dans la région de Piura, où El nino peut amener certaines années des pluies torentielles pendant l'été. Il y fait également bien plus chaud avec environ 4°C de plus en journée en moyenne. La température de la mer demeure cependant relativement fraiche sur toute la côte quelle que soit la saison : 17°C en hiver, 23°C en été.

Dans la cordillère des Andes règne un climat de montagne, on enregistre donc de très fortes amplitudes de températures : les journées sont généralement agréables mais les nuits sont toujours froides. En contrepartie elles varient très peu durant l'année : à Cuzco, qui est située à 3400m, il fait ainsi autour de 20°C en journée quasiment toute l'année et entre 0 et 8°C la nuit. Les températures des autres villes dépendent évidemment de l'altitude où elles se trouvent. Bien que les saisons soient peu marquées, on peut néanmoins en distinguer deux : la saison sèche de mai à octobre et la saison des pluies de novembre à avril. L'hiver se montre sec et ensoleillé tandis qu'il pleut le reste de l'année et particulièrement de décembre à mars.

Dans les forêts amazoniennes, à l'est du pays le climat devient tropical. Les saisons sont les mêmes que dans les andes mais il fait bien plus chaud et plus humide : jamais moins de 20°C en moyenne la nuit et aisément 30°C en moyenne en journée. La chaleur, étouffante avec l'humidité, est quasi constante durant les 12 mois et il pleut toute l'année sous forme d'averses plus ou moins brèves alternant avec le soleil et les éclaircies. Les conditions se montrent tout de même meilleures de juin à septembre, période où la chaleur, l'humidité et les précipitations décroissent au profit de l'ensoleillement.

Pendant la saison des pluies, il est fréquent que les précipitations rendent les déplacements difficiles en raison des nombreuses routes peu praticables (boue, inondations...).

La meilleure période pour partir en voyage au Pérou se situe de mai à septembre dans les andes et juin à septembre à l'est du pays. En revanche sur la côte le temps est généralement maussade à cette époque et on s'y rendra plutôt de mi-décembre à fin mars où il fait bien meilleur.