Malgré son climat équatorial, la Malaisie possède des saisons totalement différentes des autres pays d'asie du sud-est, principalement en raison des deux moussons qui balayent le pays durant l'année. Il y pleut donc quasi constamment et il n'existe pas de saison sèche à proprement parler comme en Thailande ou encore au Cambodge.

La mousson d'hiver, très active de novembre à février, est la plus forte et arrose fortement la côte est ainsi que la partie du pays située sur l'ile de Bornéo. Le reste du pays est un peu plus épargné mais les vêtements étanches restent de rigueur. Violentes, elles éclatent la plupart du temps dans l'après midi sous forme d'orages durant lesquels le pays est copieusement arrosé pendant 2-3h. Les inondations sont fréquentes, les liaisons maritimes coupées par endroits ainsi que certaines routes dans le pays.

La mousson d'été, plus bénigne, d'août à novembre, sévit cette fois majoritairement sur la côte ouest et s'accompagne souvent de vents violents provenant de l'ile de Sumatra.

La période allant d'avril à juillet est la plus agréable mais même à cette période vous n'échapperez pas à quelques pluies plus ou moins fortes et répétées selon les années. Néanmoins, cela pose beaucoup moins de problèmes que dans les pays occidentaux, étant donné qu'il fait chaud toute l'année, cela n'a donc rien à voir avec les pluies des hivers européens. Grâce à cette pluie quasi constante, la végétation est bien entendu extrèmement florissante, en revanche l'humidité est elle aussi très présente.

La température de la mer reste quant à elle stable entre 26 et 29°C durant toute l'année.

La meilleure période pour partir en voyage en Malaisie se situe d'avril à juillet.