En raison de sa qualité insulaire, de son relief et de sa situation, le climat tropical de Madagascar se caractérise par de grosses diversités de climat en fonction des régions. On distingue cependant deux saisons climatiques : la saison sèche, d'avril à octobre, et la saison des pluies, de novembre à mars.

Ainsi, sur la côte ouest, sèche et ensoleillée, il ne pleut pratiquement que de décembre à mars et très principalement de janvier à février durant lesquels les précipitations sont deux fois plus importantes. Il y fait chaud toute l'année : 32°C en moyenne en journée pendant l'hiver et 28°C en moyenne en journée durant l'été. Les nuits sont cependant plus fraiches à cette saison : 15°C.

De l'autre coté de l'ile, la côte est souffre en revanche de pluies régulières quasiment toutes l'année hormis en septembre et octobre où le soleil vient remplacer les nuages. Les alizés du sud-est qui amènent ces précipitations sont de plus très présents.

Au milieu, dans les hautes terres, où se situe la capitale Tananarive, on retrouve deux saisons bien distinctes et très semblables à la côte ouest bien qu'un peu plus arrosées : il pleut abondamment de novembre à mars sous forme de courtes mais violentes averses qui laissent ensuite généralement place au soleil, tandis que l'été est sec et ensoleillé. Les températures subissent quant à elle les effets de l'altitude et chutent de plusieurs degrés tout en restant très agréables en journée : 25°C en moyenne pendant la majeure partie de l'année pour descendre à 20°C l'été. Les nuits en revanche se montrent particulièrement fraiches à cette période (moins de 10°C en moyenne).

Au nord, il pleut davantage durant la saison des pluies et un peu plus longtemps dans l'année, alors qu'à l'inverse le sud est très sec, caniculaire et et semi-désertique (mis à part quelques faibles pluies de décembre à mars). A noter que le pays est régulièrement traversé par des cyclones de janvier à mars.

La meilleure période pour partir en voyage à Madagascar se situe d'avril à octobre. Plus précisément, d'avril à novembre sur la côte ouest, en septembre et octobre uniquement si l'on tient à rester au sec sur la côte orientale, et dans les hautes terres et le nord on privilégiera mi-avril à mai et septembre à octobre mais l'été, plus doux, reste agréable. La meilleure période pour visiter tout le pays est donc de septembre à octobre.