L'Indonésie est soumise à un climat équatorial donc chaud et humide toute l'année mais tempéré par les vents maritimes. En revanche, il pleut de novembre à avril avec un pic de décembre à février et le temps devient aussi beaucoup plus chaud et nuageux à cette période. Les pluies se montrent abondantes mais intermittentes suivies d'un ciel relativement dégagé, ce qui permet à la végétation de s'épanouir à nouveau pleinement jusqu'à mai.

La période de mai à septembre, qui correspond à la saison sèche, est à l'inverse beaucoup plus ensoleillée et très agréable. Il pleut tout de même de temps en temps mais les précipitations demeurent 3 à 10 fois moins importantes et apparaissent principalement le soir ou dans la nuit. Les températures, légèrement plus fraiches que durant la saison des pluies, restent très bonnes (entre 25 et 30°C) et l'atmosphère est d'une manière générale moins étouffante.

L'ile de Sumatra, au contraire, est particulièrement touchée par les précipitations même durant la saison sèche, Makassar (Ujung Pandang) l'est également durant la saison des pluies, l'ile de Java un peu moins. Bali, qui bénéficie d'un micro climat, est plus épargné aux mi-saisons (ce qui ne veut pas dire qu'il n'y pleut pas) et la saison sèche débute dès avril.

Les températures annuelles sont chaudes et stables entre 25 et 35°C de moyenne à l'année (plus fraiches en altitude). Vous n'aurez pas froid quelle que soit la saison. La température de la mer tourne autour de 25-28°C.

Certains apprécient de partir durant la saison des pluies, qui ne manque pas de charme, mais cela perturbera inévitablement votre séjour, en particulier si vous souhaitez profiter de la plage ou flaner au soleil. Les saisons tourististiques ont lieu en décembre-janvier et juillet-août. La meilleure période pour partir en voyage en Indonésie se situe de mai à octobre.